El Fideicomiso Fondo para la Biodiversidad es auditado cada ejercicio (1 de enero a 31 de diciembre), desde 1993 para efectos financieros y a partir de 1996 para efectos fiscales. Es muy importante contar con el dictamen fiscal, debido a que el Fideicomiso está registrado como "Donataria Autorizada" ante la Secretaría de Hacienda y Crédito Público desde 1996.

La auditoría es uno de los mecanismos que ayuda a controlar las operaciones financieras; contar con un dictamen sin salvedades es resultado de un control interno adecuado y de una aplicación eficiente de las normas contables y fiscales.

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